我校药用动物学科2009年被评为国家中医药管理局重点学科。始建于1985年的动物药教研室，同年被国家教委确定为全国唯一的中药-动物药硕士学位授权点。1994年被吉林省教委确立为吉林省第一批重点学科，同时学科开始了“以科研为先导，以教学为中心”的学科建设工作，1997年“中药（动物药）学科建设”项目获吉林省优秀教学成果一等奖，2006年被确立为吉林省中医药管理局中药动物药重点学科，2009年被确立为国家中医药管理局中医药科研中药动物药实验室三级实验室、药用动物可持续利用重点研究室。2006年被确立为吉林省中医药管理局中药动物药重点学科。
本学科拥有连续稳定的研究方向：药用动物资源学研究；药用动物养殖驯化与可持续利用研究；药用动物加工炮制、有效成分提取分离鉴定技术研究；药用动物生物工程与新产品开发研究。
本学科的学科带头人：张辉教授；学术带头人：邓明鲁教授、曲晓波教授。中药资源学：研究队伍3名，其中博士生导师1名、硕士生导师2名；教授2名、副教授1名。中药化学：研究队伍4名，其中博士生导师1名、硕士生导师2名；教授2名、助研2名；博士4名、硕士2名。中药药理学：研究队伍2名，其中博士生导师1名、硕士生导师1名；教授2名；博士1名、硕士2名。生物工程学：研究队伍3名，硕士生导师3名；教授3名；博士3名。自2004年以来药用动物学科先后培养博士后2名、博士研究生8名、硕士研究生120名、师承学员4名、研修学员2名、承担进修生6名、送出培养学员3名、本科生生产实习160名。学科带头人、后备学科带头人每年参加国际学术会议一次以上。
参加王文权主编《中药资源学》十五（李健平副主编）、十一五本科生规划教材（张辉编委），十一五专科生规划教材（林喆编委），万德光主编《中药资源学》十一五研究生规划教材（张辉编委），王德群主编《药用植物学》十一五特色教材（张辉副主编）编写工作，全部承担的是药用动物部分，这在国内是唯一的。
吉林省长春中医药大学中医药与生物工程研究开发中心，拥有国家教育部中药有效成分实验室、国家教育部长白山道地药材关键技术工程中心、国家中医药管理局药用动物可持续利用重点研究室，国家中医药管理中药动物药、中药化学、中药药理为国家三级实验室，具有先进的仪器设备和配套设施，现有办公面积60㎡，实验室1100㎡，仪器设备1000余万元，包括气质联用仪Agilent6890N／5973N、液质联用仪Agilent 1100离于阱SL型、高分辨串联质谱、凝胶成像及分析系统GDS8000、多谱勒血液测定仪CBI—8000型等。以上仪器基本能满足本课题研究的需要。本学科拥有国家教育部中药有效成分实验室、国家教育部长白山道地药材关键技术工程中心。
本学科是吉林省中医药管理局中药动物药重点研究室及中药动物药重点学科。2008年“我国名贵珍稀动物药的基础研究”获吉林省科技进步二等奖，2009年“长白山道地药材化学成分分离鉴定研究”获吉林省科技进步二等奖。
